Джонатан Мостоу родился в Вудбридже, штат Коннектикут, в семье академиков. Закончил Гарвардский университет (как же, сын академиков!). И хотя изучал он там киноискусство и сделал несколько обязательных учебных фильмов, сам он был уверен, что его кинокарьера закончится вместе с получением диплома. Однако вскоре в Лос-Анджелесе, куда Джонатан перебирается после окончания Гарварда, его замечает глава студии "Парамаунт" Майкл Айшер и вызывает на собеседование. И хотя работу на "Парамаунт" Мостоу не нашел, что-то положительное, видимо, эта встреча все-таки принесла, потому что вскоре он знакомится с Роджером Корманом и не без его помощи ставит свой первый фильм "Похитители тел с Беверли-Хиллс".
Через два года появляется его следующий фильм "Полет черного ангела" - помесь "Таксиста" и "Лучшего стрелка" - и тут, наконец, киномагнаты обратили внимание на молодой талант, умело управляющийся с небольшим бюджетом.
Однако прошло еще долгих шесть лет, прежде чем Джонатан Мостоу появился перед публикой с мрачным триллером "Авария" (Курт Рассел в главной роли). Ступив однажды на территорию триллера, Мостоу не пожелал отттуда возвращаться, и в 2000 году ставит нашумевший "подводный" фильм "U-571". Эта картина принесла Джонатану Мостоу сразу две награды - "Apex" и "Fennecus", обе - за лучший оригинальный сценарий.

2003 Terminator 3 / Терминатор-3 (режиссер)
2001 Mexicali (продюсер)
2000 U-571 (режиссер, автор сценария)
1998 From the Earth to the Moon / С Земли на Луну (режиссер) мини-телесериал, 12-я серия
1997 Breakdown / Авария (режиссер, автор сценария)
1997 The Game / Игра (исполнительный продюсер)
1991 Flight of Black Angel / Полет черного ангела (режиссер, автор сценария) ТВ
1989 Beverly Hills Bodysnatchers / Похитители тел из Беверли-Хиллс (режиссер, автор сценария, продюсер).